市科技創(chuàng)新委員會辦公室與市科學技術局、市科學技術協(xié)會一體化運行，設8個職能機構(gòu)：
（一）綜合科（政策法規(guī)科）。負責機關日常運轉(zhuǎn)，承擔全委性會議組織、重要文件起草、文電處理、文書檔案管理、辦公自動化建設等工作；承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開等工作；承擔機關并指導所屬事業(yè)單位的資產(chǎn)管理、接待等工作；承擔機關及所屬事業(yè)單位的干部人事、機構(gòu)編制、勞動工資、教育培訓、日?？己说裙ぷ?；負責離退休干部工作；負責機關及所屬事業(yè)單位經(jīng)費預決算工作，負責機關并指導監(jiān)督所屬事業(yè)單位財務管理、資產(chǎn)賬務管理工作；承擔規(guī)范性文件的合法性審查，承擔行政執(zhí)法監(jiān)督、行政應訴等工作，負責協(xié)調(diào)各級科技支持政策的落實與宣傳工作；組織科技政策的培訓工作；承擔科技監(jiān)督評價體系建設和科技評估管理相關工作；組織開展科研誠信建設工作。
（二）高新技術科（安全生產(chǎn)監(jiān)管科）。擬訂全市科技創(chuàng)新發(fā)展戰(zhàn)略、高新技術發(fā)展及其產(chǎn)業(yè)化的計劃和政策并組織實施；研究我市科技創(chuàng)新產(chǎn)業(yè)發(fā)展圖譜；組織開展相關領域技術發(fā)展需求分析，編制和組織實施市工業(yè)類科技計劃，負責國家和省市產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新科技計劃項目組織推薦和協(xié)助管理工作，銜接省重點研發(fā)計劃（產(chǎn)業(yè)前瞻與共性關鍵技術），推動關鍵核心技術攻關；指導高新技術特色產(chǎn)業(yè)基地建設；負責科技企業(yè)孵化器及眾創(chuàng)空間管理工作，銜接省科技產(chǎn)業(yè)園、加速器和孵化器建設；負責高新技術企業(yè)、技術先進型服務企業(yè)、科技創(chuàng)新型企業(yè)、民營科技企業(yè)的組織申報和管理工作，組織實施科技型創(chuàng)業(yè)企業(yè)孵育計劃，負責高新技術企業(yè)培育、企業(yè)創(chuàng)新梯隊培育；推動科技創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)投融資體系建設，承擔推動科技與金融結(jié)合相關工作；牽頭組織設立制造業(yè)產(chǎn)業(yè)技術創(chuàng)新戰(zhàn)略聯(lián)盟；負責民營科技企業(yè)的政策指導、統(tǒng)計調(diào)查；負責推進全市重點產(chǎn)業(yè)發(fā)展工作；負責協(xié)調(diào)科技軍民融合發(fā)展相關工作，聯(lián)系產(chǎn)業(yè)安全生產(chǎn)工作；牽頭做好市科技重點工作綜合考核及全市科技進步考核工作。
（三）科研機構(gòu)科。負責編制和組織實施市科技基礎設施、平臺建設計劃等創(chuàng)新能力建設計劃，負責國家和省市相關科技計劃項目的組織推薦和協(xié)助管理工作；負責高層次科研院所引進工作；負責研發(fā)型企業(yè)指導與服務工作；指導推進新型研發(fā)機構(gòu)建設；擬訂科技服務業(yè)發(fā)展規(guī)劃和政策；承擔全市技術轉(zhuǎn)移體系工作，推進科技資源開放共享，推動科技服務業(yè)、技術市場和科技中介組織發(fā)展，負責技術合同認定登記有關工作；負責全市科技創(chuàng)新機構(gòu)建設考核工作；牽頭推進市科創(chuàng)平臺建設；負責科研技術裝備、實驗動物管理工作；依據(jù)相關法律法規(guī)開展科技行政執(zhí)法工作。
（四）區(qū)域創(chuàng)新科。負責推進區(qū)域創(chuàng)新和國家創(chuàng)新型城市建設工作，負責創(chuàng)新型鄉(xiāng)鎮(zhèn)建設的指導等管理工作；負責市高新技術產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)建設指導管理和協(xié)調(diào)服務，推進指導高新區(qū)創(chuàng)建國家級高新區(qū)；負責全市科技合作工作，推動長三角區(qū)域科技合作，推進南通沿江科創(chuàng)帶建設，協(xié)調(diào)全市科創(chuàng)項目引育；負責擬訂產(chǎn)學研協(xié)同創(chuàng)新計劃和政策，組織全市性產(chǎn)學研對接活動，推動企業(yè)與高校院所開展產(chǎn)學研合作。
（五）科技成果科（外國專家科）。負責擬訂科技成果產(chǎn)業(yè)化及產(chǎn)業(yè)技術創(chuàng)新政策措施、舉措；負責省級及以上重大科技成果轉(zhuǎn)化專項資金項目計劃的組織推薦和協(xié)助管理工作，負責全市科學技術獎勵、外國專家獎勵及社會力量設立科學技術獎等管理工作，擬訂科技成果登記、評價、獎勵、保密、推廣的管理辦法并組織實施；負責南通市科技興市功臣的組織與申報工作；負責科技社團、科技行業(yè)協(xié)會等相關管理工作；負責科技人才隊伍建設工作，會同有關部門組織實施引進高層次人才創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)專項工作；負責綜合管理全市引進國外智力和外國專家工作，擬訂引進國外智力和外國專家的規(guī)劃、政策、計劃并組織實施；擬訂出國（境）培訓規(guī)劃、政策和年度計劃并監(jiān)督實施；組織實施重點出國（境）項目；承擔外國人來我市工作、外國高端人才資質(zhì)管理和服務保障；擬訂國際科技合作、科技交流及創(chuàng)新能力開放合作的規(guī)劃、政策和措施并推動落實，編制和組織實施市國際科技合作計劃；組織開展國際技術轉(zhuǎn)移和引進國外智力成果示范推廣工作；承辦涉港澳臺科技合作與交流事宜，負責對外科技宣傳工作；指導國際合作基地和外資研發(fā)機構(gòu)建設；承擔科技安全和科技保密相關工作。
（六）農(nóng)村科技與社會發(fā)展科。擬訂和組織實施科技促進農(nóng)業(yè)農(nóng)村、社會發(fā)展的規(guī)劃和政策，編制和組織實施市農(nóng)業(yè)、社會發(fā)展類科技計劃，負責國家和省市對應的科技計劃項目組織推薦和協(xié)助管理工作，推動重大關鍵技術攻關；指導推進省級農(nóng)高區(qū)創(chuàng)建；組織實施現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技創(chuàng)新工作，指導農(nóng)業(yè)科技載體和農(nóng)業(yè)科技示范推廣基地建設，指導農(nóng)業(yè)科技特色產(chǎn)業(yè)培育；負責科技特派員、科技促進鄉(xiāng)村振興工作，推動農(nóng)業(yè)、農(nóng)村科技進步和農(nóng)村科技社會化服務體系建設；推動綠色技術創(chuàng)新，開展科技應對氣候變化工作；組織實施涉及資源環(huán)境、人口健康、公共安全、可持續(xù)發(fā)展綜合實驗區(qū)以及其他社會事業(yè)領域的科技工作；擬訂基礎研究計劃和政策，組織申報國家、省基礎研究（自然科學基金）計劃。
（七）學會學術科（國際聯(lián)絡科）。按照《社會團體登記管理條例》，負責對市級學會、科技類社會團體進行指導服務、監(jiān)督管理；組織開展學術交流，活躍學術思想，繁榮學術園地，促進學科發(fā)展和知識創(chuàng)新；組織全市科技工作者積極參政議政，促進決策科學化、民主化；維護科技工作者合法權益；表彰、宣傳優(yōu)秀科技工作者，推薦人才，開展科技工作者的繼續(xù)教育、培訓和優(yōu)秀自然科學論文評選工作；開展民間國際科技交流與合作；負責對所主管的學（協(xié)、研究）會、鎮(zhèn)（區(qū)、街道）科協(xié)、企業(yè)科協(xié)以及農(nóng)村專業(yè)技術協(xié)會工作進行業(yè)務指導?！ ?/p>
（八）科學技術普及科。按照國家、省、市有關科普工作的方針政策，負責擬定全市科普工作計劃，并組織實施；負責重大科普活動的組織協(xié)調(diào)；承擔市全民科學素質(zhì)領導小組辦公室工作；研究、總結(jié)、推廣面向社會開展科普工作的經(jīng)驗；指導科技館等科技設施、場所的規(guī)劃、建設和管理及科普工作隊伍，舉辦科普宣傳周、科普日等活動；組織開展全市青少年科創(chuàng)教育工作和各類科技競賽活動；組織開展科技反邪教工作，開展捍衛(wèi)科學尊嚴和反對愚昧迷信、偽科學、反科學的活動。